Engjaskóli starfar í anda skóla án aðgreiningar sem byggir á viðurkenningu og þátttöku allra nemenda í skólastarfinu. Leitast er við að skapa styðjandi námsumhverfi inni í hverjum bekk en nemendur fá aðkomu stoðkennara og/eða stuðningsfulltrúa ýmist innan eigin skólastofu eða í stofu stoðkennara sem ræðst af einstaklingsbundnum aðstæðum. Aðkoma stoðkennara og stuðningsfulltrúa er t.a.m. byggð á niðurstöðum námsmats, skimana og greininga sem liggja fyrir og getur ýmist verið hluta af skólaári og eða yfir allt skólaárið eftir þörfum. Megnimarkmið stoðþjónustu er að stuðla að alhliða þroska nemenda þar sem tekið er mið af þörfum og styrkleikum hvers einstaklings. Leitast er við að ná þessum markmiðum með virðingu fyrir einstaklingnum, jákvæðu viðmóti og verkefnum við hæfi.
Engjaskóli á í nánu samstarfi við sérfræðiþjónustu Austurmiðstöðvar (áður Miðgarður) en með skólanum vinna sérfræðingar á borð við sálfræðing, hegðunarráðgjafa, kennsluráðgjafa, félagsráðgjafa, fötlunarráðgjafa, félagsfræðing og talmeinafræðing.
BOFS - Barna- og fjölskyldustofa
Tengiliðir þjónustu í þágu farsældar barns - Tengiliður Engjaskóla er Olga Hrönn Olgeirsdóttir deildarstjóri stoðþjónustu