Í Engjaskóla er áhersla lögð á einstaklingsmiðun í kennslu og námi nemenda. Kennslan miðar að því að nemendur nái þeim markmiðum sem að er stefnt. Kennslan hjálpar nemendum að tileinka sér þekkingu, skilning og færni á tilteknum sviðum. Í skólastarfinu er lögð áhersla á fjölbreytni í vinnubrögðum og kennsluaðferðum. Kennsluaðferðir og vinnubrögð taka tillit til aldurs, þroska og getu nemenda. Í skólanum er unnið eftir aðferðafræði Shirley Clarke í leiðsagnarnámi sem einkennist af fimm megin áherslum;

• námsmenning
• spurningatækni og samræður
• endurgjöf
• skipulag
• vekja og virkja áhuga.

Ýtt er undir vaxtarhugarfar í námi hvers og eins nemenda. Nemendur meta einnig eigin frammistöðu í frammistöðumati tvisvar á ári. Nemendur kynnast jafningjamati og nota það við mat á vinnu sinni og samnemenda sinna.