Engjaskóli er þátttakandi í verkefninu heilsueflandi skóli. Mikið er lagt upp úr fjölbreyttri hreyfingu í íþróttum og er útinám fast í töflu á miðstigi. Árlega taka bæði nemendur og starfsfólk þátt í Lífshlaupinu og hafa bæði nemendur og starfsfólk unnið til verðlauna.
Heilsustefnan er sameiginleg yfirlýsing starfsmanna, nemenda og foreldra við skólann. Skólinn tekur þátt í verkefninu Heilsueflandi grunnskóli á vegum Landlæknisembættis Íslands. Markmið stefnunnar er að allt daglegt starf í skólanum stuðli að jákvæðum skólabrag, betri líðan og heilsu allra sem þar starfa. Helstu áhersluþættir Engjaskóla eru hreyfing, matarræði/tannheilsa, geðrækt og lífsleikni.
Með þátttöku í heilsueflingu grunnskóla er litið svo á að með þátttökunni stuðli skólinn að góðri ímynd sinni og að litið sé á hann sem eftirsóknarverðan vinnustað. Ávinningur af starfinu getur verið m.a.
• Færri slys og sjúkdómar
• Bætt almenn heilsa
• Vellíðan og starfsánægja
• Færri fjarvistir